มีระบบกรองที่สมบูรณ์แบบ ที่ออกแบบในห้องสะอาด, รวมถึงเครื่องมือกรองที่มีความแตกต่างกัน เช่น ผลลัพธ์แรก ผลลัพธ์กลาง และประสิทธิภาพสูง ซึ่งมีหน้าที่ต่างกันในห้องสะอาด
ในห้องสะอาดที่ปราศจากฝุ่น วัสดุที่ใช้สำหรับกรอบกรองประสิทธิภาพเริ่มต้น ได้แก่ อลูมิเนียมอัลลอยด์, กรอบกระดาษชุบ, กระดาษแข็ง, สแตนเลส เป็นต้น ซึ่งเกี่ยวข้องโดยเฉพาะกับประเภทของกรองประสิทธิภาพเริ่มต้นแบบพับ, กรองประสิทธิภาพเริ่มต้นแบบพับแน่น, กรองผ้าฝ้ายประสิทธิภาพเริ่มต้นแบบล้างได้ เป็นต้น ซึ่งมักจะเหมาะสำหรับการกรองก่อนในระบบปรับอากาศและการระบายอากาศ, การกรองอากาศกลับในห้องสะอาด หรือการกรองก่อนในอุปกรณ์กรองประสิทธิภาพสูงในพื้นที่เฉพาะ
กรองประสิทธิภาพกลางในห้องสะอาดที่ปราศจากฝุ่น ด้วยโครงสร้างแบบถุงที่เป็นเอกลักษณ์ เพื่อให้แน่ใจว่าอากาศไหลเวียนได้อย่างสมดุลและเต็มถุงทั้งหมด สามารถป้องกันการแออัดหรือการรั่วไหลระหว่างถุง ซึ่งช่วยลดความต้านทานและทำให้ความจุฝุ่นสูงสุด การเสริมแรงของลวดเหล็กสามารถป้องกันไม่ให้กรองเกิดการบิดเบี้ยวหรือหลุดออกจากกรอบในสภาพแวดล้อมการทำงานที่แย่มาก
โครงสร้างเช่นนี้สามารถบรรลุประสิทธิภาพการกรองสูงสุด ชั้นแรกของวัสดุกรองจะจับอนุภาคที่ใหญ่กว่าในอากาศ ชั้นที่สองที่ละเอียดกว่าจะเพิ่มความเสถียรของตัวกรองและป้องกันฝุ่นเล็กๆ ที่ลอยอยู่ในอากาศ การออกแบบวัสดุกรองใยสังเคราะห์สองชั้นนี้ เพื่อให้แน่ใจว่ามีความต้านทานเริ่มต้นต่ำและมีปริมาณฝุ่นสูง และยืดอายุการใช้งานของตัวกรอง
การติดตั้งตัวกรองประสิทธิภาพสูงในห้องสะอาดเป็นกระบวนการที่สำคัญมาก ซึ่งต้องดำเนินการหลังจากที่โครงการตกแต่งพื้น เพดาน กั้น ห้อง ประตู และหน้าต่างของห้องสะอาดเสร็จสิ้น ระบบปรับอากาศเพื่อการทำความสะอาดและท่อประปา ไฟฟ้า แก๊ส และอื่นๆ ได้รับการติดตั้งแล้ว และสามารถดำเนินการทำความสะอาดและสุขอนามัยภายในได้